אקווריום ישראל ירושלים נמצא מערבית לגן החיות התנ"כי בכניסה לירושלים ימינה (מתחת לגשר המיתרים) לציר הרצל, לכיוון הר הרצל.
ברמזור השני פניה שמאלה מיד שוב פנייה ימינה לכביש "בגין דרום"
ב"בגין דרום" יציאה במחלף מלחה אחרי קניון מלחה יש לפנות ימינה לרחוב יצחק מודעי פנייה שמאלה לחניה של גן החיות התנ"כי ממשיכים ישר בחניית גן החיות עד הכניסה למתחם האקווריום
שימו לב - מתחם האקווריום ממוקם כ-1.5 ק"מ מהכניסה לגן החיות והגישה אליו נעשית ברכב פרטי או בהליכה מחניון גן החיות לכיוון עין לבן.
